中國科學院合肥物質科學研究院（Hefei Institute of Physical Science，Chinese Academy of Sciences）成立于2003年5月，可追溯至2001年11月由原中國科學院合肥分院及安徽光學精密機械研究所、等離子體物理研究所、固體物理研究所合并而成的中國科學院合肥研究院；2003年5月，正式批復合并為中國科學院合肥物質科學研究院；2004年4月，合肥智能機械研究所劃歸該研究院。

中國科學院合肥物質科學研究院的主要學科有等離子體物理與磁約束核聚變、強磁場科學與技術、材料物理與納米技術、大氣光學與遙感、環境光學與技術、仿生感知與智能系統、激光材料與技術、超導電工與節能應用、離子束生物工程、智能農業信息技術、太陽能材料與工程等。 

截至2014年底，該研究院占地面積2.65平方公里，建有10個直屬研究所，1個國家工程中心，17個省部級重點實驗室/工程中心；共有在職職工2408人，在學研究生1361人，在站博士后90余人。